De algemene vergadering is het hoogste beslissingsorgaan van vzw Katholiek Onderwijs Dijle Demer (vzw KODiD). De algemene vergadering vergadert twee keer per jaar: in juni en in december. De belangrijkste taken van de algemene vergadering zijn het goedkeuren van de begroting en van de jaarrekening. Daarnaast stelt de algemene vegadering om de vier jaar de bestuurders aan die in het bestuursorgaan zetelen.
Het bestuursorgaan is verantwoordelijk voor het bestuur van vzw KODiD. Het bestuursorgaan vergadert elke maand, in principe op de laatste donderdag van de maand. Deze vergadering vindt plaats in de scholen volgens een beurtrol. Ter voorbereiding van het bestuursorgaan vergaderen werkgroepen. Deze werkgroepen bestaan uit bestuursleden en worden geleid door één van de directeurs. De algemene directeur is tevens dagelijks bestuurder en neemt de dagelijkse leiding waar. De algemeen directeur wordt hiervoor bijgestaan door de directeurs van de centrale diensten en door de (pedagogische) directeurs van de scholen. De directeurs van de centrale diensten nemen deel aan het bestuursorgaan als adviseur. De directeurs worden aangeduid door het bestuursorgaan.
De centrale diensten zijn georganiseerd in vier diensten, met als doel de specifieke expertise te bundelen en deze ter beschikking te stellen aan de scholen zodat de pedagogische directeurs 'ontzorgd' worden en zich kunnen toeleggen op het pedagogisch beleid. De hele werking van de lagere scholen wordt gecoördineerd door een coördinerend directeur basisonderwijs. (zie ook centrale diensten)